Los microorganismos tienen distintas necesidades nutritivas, basadas en mecanismos de síntesis propios y rutas metabólicas. Los fototrofos usan la luz mientras que los quimiotrofos usan compuestos químicos.
Los seres vivos pueden usar distintas fuentes para conseguir los elementos esenciales para su supervivencia. La principales fuentes son las de carbono y energía pero también son necesarias otras para obtener nitrógeno, azufre, etc.
- FUENTE DE CARBONO: CO2: autotrofos. Compuesto químico orgánico: Heterotrofo.
Algunos poseen un metabolismo obligado o facultativo.

- FUENTE DE ENERGÍA: Luz: autotrofos. Compuestos químicos: Quimiotrofos.
- FUENTE DE NITRÓGENO: Las plantas usan nitratos. Los animales usan nitrógeno orgánico. Los microorganismos usan nitrógeno por fijación, nitrógeno inorgánico y orgánico.
- FUENTE DE AZUFRE: Las plantas usan sulfatos, (sales inorgánicas). Los animales usan proteínas, (compuestos orgánicos). Los microorganismos usan de todo, inorgánico (SO42-), orgánico (aminoácido), S0, etc..-
-FUENTES DE FÓSFORO: En general son sales

- FUENTE DE SALES MINERALES: K, Ca, Mg, Fe, (mg/l) son micronutrientes. Mo, Mn, Zn, Co, Ni, (?g/l) son oligoelementos.
- FACTORES DE CRECIMIENTO:
Son aquellos elementos tales como las vitaminas, aminoácidos, purinas y pirimidinas. Si el organismo los necesita tomar del medio y no puede sintetizarlo hablamos de auxotrofos. Si por el contrario puede sintetizarlos hablamos de prototrofos. El ácido fólico o PABA: transferencia de un carbono.(L. casei), sintetiza Timina, Purina, Metionina, Serina, Ácido patoteico. Biotina: fijación del CO2.
Ácido nicotínico. Hemophlicus. Riboflavina. FMN, FAD, (Dhasa, cadena de transporte de electrones)
Ácido pantoténico: es parte de la coenzima A. Tiamina (TPP) descarboxilaciones, de las trascetolasas.
B6 o Piridoxina: fosfato de piridoxal (síntesis y degradación de aminoácido) transaminasa y deaminasas.
B12: Sintetizado po microorganismos para la síntesis de desoxirribosa. Ácido lipoico: Bacterias del ácido láctico. Co-M: Producción de metano. Vitamina k: Síntesis de esfingolípidos.